Enrique fue el hijo mayor del segundo matrimonio del príncipe Ruperto de Baviera y de su segunda esposa, la princesa Antonieta de Luxemburgo.
El 31 de julio de 1951, el príncipe Enrique se casó con Ana María de Lustrac, la hija del barón Jean de Lustrac y de su esposa, Helen Reid.
[1] La ceremonia tuvo lugar en San Juan de Luz, en la costa vasca en Francia.
La pareja no tuvo hijos juntos.
[2] Está enterrado en la iglesia de la abadía de Andechs, en Baviera.