A continuación se da una descripción breve e incompleta, más o menos detallada y seleccionada de lo que hasta ahora ha podido recoger al respecto la historiografía.
En la capilla llamada de los Linages (escrito con g) había bastantes lápidas en el suelo y arcosolios que se abrían en las paredes, y En la capilla de los Leones estaban enterradas Leonor de Castilla la de los Leones, que era hija ilegítima del rey Enrique II, y su madre, Leonor Álvarez, y según la historiadora María Antonia Fernández del Hoyo, no estaba dedicada a ningún santo en particular, y en su opinión en los últimos siglos de vida del convento de San Francisco ni siquiera podía afirmarse que fuera una capilla, ya que su altar fue retirado en 1576 cuando se construyó la nueva sacristía del templo, a fin de dejar libre el paso para que se pudiera acceder a ésta desde el claustro y la iglesia.
Este personaje, Luis de Castilla reedificó la capilla en 1534 y la dedicó a panteón familiar.
[9] La familia Venero Leyva tuvo su panteón en la capilla de Santa Catalina.
La capilla del Santo Cristo estaba situada en el muro sur de la iglesia, que daba al claustro.
[12] Red Hugh O'Donnell (Aodh Rua Ó Domhnaill), último príncipe de Tyrconnel (Irlanda).
Murió en Ciguñuela y lo trajeron en carro a enterrarlo en San Francisco.
Todos estos restos fueron trasladados al osario general del Cementerio Católico.
[16] Lo mismo ocurrió a finales del siglo XX cuando de nuevo se hicieron excavaciones para levantar el edificio de un centro comercial en el lugar en que se supone que estaría la iglesia.
Nuevamente se recogieron los huesos humanos para llevarlos respetuosamente al osario del cementerio.