Sus alumnos incluirían al destacado Pedro Bedón o el mestizo Diego Lobato, entre otros estudiantes como Alonso Aguilar, Gonzalo de Saavedra, Francisco Rodríguez.
Según José María Vargas, el padre Aller fue "uno de los hombres más doctos que tuvo en su tiempo la religión".
Se esperaba que los estudiantes ya hayan cursado sus materias de latín entre otras preparatorias.
Los libros de cursos tenían una estructura que se dividía entre disputatio, questio y cáput (capítulos).
[1] Los agustinos se establecieron en Quito cerca del año 1573, aunque para 1568 ya tenían un convento y la Iglesia de Santa Bárbara.
Como alumnos destacado fue Miguel Sánchez Solmirón cuyo profesor fue Ignacio de Ordaz.
Su labor giró alrededor del convento de San Pablo y tuvo como personaje destacado al padre Fray José Fernández Velásquez, quiteño fue catedrático y que destacó por sus conocimientos profundos de la teología escotista.
Los cursos dictados acá ya tenían reconocimiento oficial puesto que estaban bajo Patronato Real fundado a instancias del rey Felipe II.
También existe la presencia del prestigioso padre Juan Perlín que después de haber enseñado en Lima, Cuzco y Quito sería llamado por Francisco Suárez a España donde enseñaría en Alcalá y Madrid.
Esto nos ayuda a saber que la teología suareciana ya era conocida en Quito antes de su muerte en 1617.
Son llamadas universidades menores y particulares, financiadas por las órdenes religiosas que las regentaban con ayuda de donaciones hechas por particulares y que funcionaban con el expreso permiso del rey.
Los grados que conferiría incluían los de Bachiller, Licenciado, Doctor y Maestro.
Los profesores de Teología dos enseñaban dogmática, el primero moral y otra la escritura.
La emisión de títulos empezó a decaer en calidad hasta que la San Fulgencio perdería prestigio.
[3] A partir de 1594 se fundaría el seminario de San Luis y ya para 1603 que sería fundada la Universidad San Fulgencio pero no tendría reconocimiento oficial hasta 1621.
La compañía en esa época tenía tres claustros donde hay aulas de teología, artes, retórica y gramática con catedráticos asignados, en la portería estaba una bóveda con el teatro de la Universidad donde se graduaban los alumnos.
Se extendería los privilegios a la Compañía para emitir grados, ya que la San Fulgencio estaba siendo cuestionada, pero ahora sería más bien la pugna con la Santo Tomás de los dominicos por el control de estos privilegios.
Desde 1622 hasta 1700 se dieron aproximadamente 26 cursos de Filosofía, aunque si hubo intercalación probablemente el número es mayor.
Al fundarse la intención en los estudios fue tener a Santo Tomás como autor preferido en teología y Antonio Rubio en filosofía.
Todo esto complementado con los grandes jesuitas como Luis Molina, Francisco Suárez, Gabriel Vásquez y Gregorio de valencia.
Destacó el padres Luis Abad con su curso completo de artes donde divide en Filosofía Racional, Natural y Trascendental.
Hacia 1630 los dominicos se encontraban en su apogeo en la Provincia de Quito en los estudios tenían el Convento Máximo donde se enseñaba latín y la cátedra oficial de la lengua Inca, así como Filosofía, Teología.
Pasaría tiempo hasta que en 1681 el padre Ignacio de Quesada en Roma lograría gestionar al Papa Inocencio XI un Breve por el cual concedía al Colegio por fundarse en Quito la facultad de conferir grados en las cátedras ya fundadas o que se funden en adelante, al igual que los agustinos y los jesuitas.
El obispo Alonso de la Peña y Montenegro se opondría a las fundaciones por tensiones con la orden dominica pero su sucesor Sancho de Andrade y Figueroa continuaría con el proceso.
[1] En las universidades existieron ejemplares de libros importantes sobre Filosofía, Teología y Religión que llegaban apenas eran publicadas.
[1] Los libros que se publicaban en el sistema escolástico tenían un formato establecido que seguía la organización de la Universidad de Salamanca y se apegaba a los autores permitidos por la iglesia.
[1] Las apologías son un género que se desarrolló en la escolástica y tenían como objetivo defender cierto tema determinado.
Dentro de este género una de las publicaciones más importantes es sin duda "Aplogia scholastica" por Juan Perlin o también las "Tres Diatribas sobre el Culto al Sagrado Corazón de Jesús" por Juan Bautista Aguirre que se dedicaría a refutar a Camillus Blasius y defender el culto al Sagrado Corazón.