Fue estación de la primitiva línea C-4 de Cercanías Valencia desde 1889, fecha en la que se inauguró la línea.
En la actualidad no dispone de ningún servicio desde el año 2005 ya que el edificio se sustituyó por otro más moderno y en subterráneo en vista a la llegada del metro a la ciudad.
Actualmente Metrovalencia utiliza la estación subterránea para dar servicio a las líneas 3, 5 y 9.
FGV tiene en funcionamiento desde el año 2007 las líneas y de MetroValencia en la localidad de Manises aprovechado la traza de la antigua línea Valencia-Líria.
La estación de metro Manises se encuentra justo en frente del edificio de la antigua estación de Cercanías, de cara a los antiguos andenes y vías.