Las instalaciones forman parte de la red de Cercanías Madrid y están servidas por las líneas C-2, C-7 y C-8.
La estación también constituye un nudo ferroviario en el que confluyen varios trazados.
Sin embargo, este nombre cambió en la década de 1990 por «San Fernando», dado que servían principalmente a esta localidad.
En esta estación se une la vía de contorno noreste de Madrid por la que circulaban los trenes de largo recorrido y regionales hacia el noreste de España con las vías del Corredor del Henares, por lo que en la década de 1990, debido al intenso tráfico, se decidió cuadruplicar la vía entre esta estación y la de Alcalá de Henares.
Hoy día ya no es tan elevado el tráfico al pasar la casi totalidad de trenes de largo recorrido a la línea de alta velocidad Madrid-Barcelona.