De familia hidalga, fue el único hijo varón del humanista Juan de Aguilar Villaquirán y su segunda esposa Juana Loarte y Zúñiga.
Era un traductor concienzudo, muy elogiado por sus contemporáneos, y de hecho expone su método en una carta titulada "El intérprete latino al que leyera en español" incluida en su traducción de Caussin: Aún insiste en esta materia en "El intérprete al lector", otra carta incluida en su traducción del De bello tartarico historia del misionero y cartógrafo jesuita italiano Martino Martini (1614-1661), bajo el título de Tártaros en China: "La traducción te da el concepto fiel, sin atarse al número de las voces, que no es traslación canónica, y aun esta admite parafrases para claridad".
La versión castellana fue más tardía, dedicada a Luis Guillén de Moncada y Aragón y pagada por el mercader de libros Lorenzo de Ibarra, que fue quien se la encargó a Esteban de Aguilar, como le encargará después la de Caussin.
Por ciertos comentarios de Aguilar en los liminares, parece ser que escribió bastantes otras obras anónimamente.
Paralelamente ejerció de censor, por lo que su nombre aparece en varias “censuras” y “aprobaciones”, la primera fechada en 1663 y la última en 1681, así que seguramente falleció entonces o poco después, ya de edad avanzada.