Cristóbal llegó desde Perú con el capitán don Francisco Mosquera Figueroa, su pariente, cuando aún era un niño pequeño.
[12] Mosquera no dejó descendencia, ya que sus tres hijas abrazaron la vida religiosa en México, extinguiendo su linaje familiar.
[17] Su primera esposa fue su prima Mariana Arboleda y Arroyo, quien era sobrina de su madre.
Del matrimonio descienden sus dos primeros hijosː Aníbal y Amelia Mosquera Arboleda.
Pese al matrimonio tan desigual, Mosquera engendró hijos de su segunda mujer.
A Susana, Mosquera la conoció en Cartagena y comenzó una aventura con ella, cuando aún estaba casado con su prima Mariana Arboleda.
[17] El romance obligó a Mosquera a dejar temporalmente el poder, en 1847, ya que su comportamiento era socialmente mal visto, no tanto por su amorío, sino por la dignidad de su cargo y del Palacio presidencial.
Sin embargo, pese a su romance intenso, Mosquera despreció a Susana cuando ella, de 42 años y viviendo en Guayaquil, intento reavivar el affair por medio de misivas que le enviaba al militar, que se encontraba exiliado en Lima desde 1868.
Por ese motivo las tres hijas que tuvo el general con Paula Luque serían reconocidas desde su nacimiento, además de confirmadas posteriormente en su testamento en el cual les otorgó los mismos derechos que a sus otros hijos matrimoniales.
El testimonio histórico dice: Mi hijo Aníbal adoptó como hermano a Jeremías y Amalia por una simple aceptación.
[9] Los hijos que Tomás Cipriano tuvo con su primera esposa fueron Aníbal y Amalia Mosquera Arboleda.
Como detalle curioso, Amalia nació con la ayuda de la partera negra Ygnacia, la esclava del general, y con quien Mosquera había tenido un intenso romance en su juventud y de quien tenía un hijo ilegítimo.
[23] Isabel tuvo un hijo extramatrimonial con su cuñado Manuel Julián, llamado José María Leyva Epalza.
Para mayor exactitud, Aníbal era su bisabuelo, ya que su hija María Josefa Mosquera Epalza era abuela de Federico.
Otros parientes suyos sin especificar grado de parentesco es el escritor José María Cordovez Moure, y el escritor Saturnino Vergara Moure, ambos relacionados con los Arboleda Pombo, y los Vergara-Azcárate,[30] que, recordemos, son las familias de las que desciende Mosquera.
En algunas obras se cita a Mosquera como tío abuelo lejano de Vergara Moure.
Clelia Mosquera se casó con el militar Jeremías Cárdenas Silva, y fueron padres de 11 hijos, entre ellos Elvira Cárdenas Mosquera, quien por su matrimonio con el político José Vicente Concha llegó a ser primera dama de Colombia entre 1914 y 1918, quienes a su vez fueron padres del sacerdote Luis Concha Córdoba; Silvio Cárdenas, yerno del político caucano José María Quijano Wallis; Ema, casada con uno de los hijos del expresidente Julián Trujillo Largacha (a quien adoptó Tomás Cipriano de Mosquera como su sucesor político); y el abogado Jeremías.