Pertenece a la Federación Española de Municipios y Provincias, a la Sección Española del Consejo de Municipios y Regiones de Europa y a la Confederación de Municipios Ultraperiféricos.
Su actual presidente es el alcalde de Alajeró, Manuel R. Plasencia Barroso, y sus vicepresidentes Francisco Eulogio Linares García, Oscar Ramón Hernández Suárez, Ignacio Rodríguez Jorge y Hipólito Alejandro Suárez Nuez, alcaldes de La Orotava, Agüimes, La Matanza de Acentejo y Moya respectivamente.
La federación cuenta con sedes en La Palma, Gran Canaria y Tenerife.
Su principal órgano de gobierno es la Asamblea General, que según sus estatutos, está compuesta por los alcaldes de los municipios adheridos.
Para su representación, la FECAM cuenta con un Comité Ejecutivo compuesto por el presidente, cuatro vicepresidentes y catorce vocales.