Tenía buenas relaciones con su hermano Francisco Fernando, pero lo más sorprendente, es que estaba tan en contra de su matrimonio morganático con Sofía Chotek, proveniente de la antigua nobleza bohemia, que se negó a participar en su boda.
Sin embargo, el archiduque hizo dos años después de la boda una audiencia con el emperador y pidió perdón tras su confesión.
Además los hijos que hubiera del matrimonio serían excluidos de la sucesión al trono.
Por petición de su madrastra María Teresa, se le dio además una pensión mensual.
Tomó su formación militar en el Ejército Imperial seriamente, sin embargo, se sintió atraído por el teatro desde temprana edad y no quería nada más que ser director del Burgtheater.
A Viena regresó solo una vez, cuando se le dio permiso para asistir al funeral de la pareja heredera asesinada, Francisco Fernando y Sofía.
Nachlass Ferdinand Karl von Österreich im Haus-, Hof- und Staatsarchiv in Wien