El bachiller Fernando Marín, sustituyó en 1506 al abad don Pablo Martínez de Uruñuela, su tío, tras un periodo conflictivo de varios años iniciado en 1490 con la exención del monasterio a la obediencia de la orden de Cluny años en los que se intentó aplicar en el monasterio la reforma de las órdenes religiosas impulsada por los Reyes Católicos.
En 1507, obligó a los habitantes del señorío de Santa María de Nájera a acudir en servicio del duque de Nájera para apoyar al condestable de Navarra en su lucha contra el ejército navarro dirigido por César Borgia, lo que provocó una contestación popular que conllevó a un conflicto de Marín con el poder real.
Entre 1511 y 1521, residió en Roma, estando al servicio del rey de España, al menos, desde 1518.
Residiría en el campo del ejército hasta su muerte a primeros de julio de 1527 en Roma, tras enfermar con posterioridad al saqueo de dicha ciudad por las tropas imperiales.
Gozase o no de su beneficio eclesiástico, se tituló en todo momento hasta su muerte, ábad de Nájera.