Estudió música en la catedral de Évora con Manuel Mendes y era compañero de Duarte Lobo y Manuel Cardoso.
Magalhães se dedicó a la composición de obras sacras para la liturgia, en el estilo polifónico.
También escribió un libro de canto gregoriano, Cantus Ecclesiasticus, que fue publicado en cinco ediciones diferentes (los primeros en Lisboa en 1614 y en Antuérpia, en 1642, y la última en 1724).
El catálogo de la biblioteca de música del rey Juan IV de Portugal[1] también menciona una misa a 8 voces, Lamentaciones a 6 voces para el Jueves Santo, un villancico de Navidad a 5 voces y cinco motetes a 5 y 6 voces.
Las obras presentes en la biblioteca del rey se perdieron durante el Terremoto de 1755.