Entró en conflicto con su jefe, por lo cual el comandante de los Llanos, Facundo Quiroga, se alió con Aldao contra Del Corro, que fue arrestado.
Tras pasar algunas semanas dirigiendo una montonera sin objetivos políticos por la provincia de Córdoba, se unió a las fuerzas del general chileno José Miguel Carrera.
Fue enviado al Perú, con la intención de que fuera juzgado junto con Mendizábal, por el general San Martín.
Regresó a Chile, donde se incorporó durante algunos meses en el ejército de ese país.
Fue contratado por orden de Bernardino Rivadavia, para reunir tropas con que combatir contra Facundo Quiroga.
Pero no todos los jefes unitarios estaban de acuerdo, y los días horas pasaron sin solución alguna.
Cuando Aldao derrotó a sus enemigos, se encontró con el cadáver de su hermano Francisco, ejecutado por los oficiales unitarios.