Se incorporó al ejército del general Venancio Flores, que había invadido el Uruguay.
Incorporado oficialmente al Ejército Uruguayo, participó en la Guerra del Paraguay, combatiendo en las batallas de Yatay, Estero Bellaco y Tuyutí.
A fines del año siguiente fue nuevamente enviado al frente en el Paraguay, y desde allí al Uruguay, donde reorganizó el Ejército de ese país, que había sido excesivamente dependiente de la persona del asesinado presidente Flores.
Ocupó la ciudad de Concepción del Uruguay, donde arrestó al gobernador delegado Fidel Sagastume.
Participó en algunos encuentros con las tropas jordanistas, pero hacia fines de ese año fue enviado nuevamente a la frontera indígena.