Al año siguiente, se vio obligado a renunciar tras un golpe de Estado encabezado por los sectores «doctorales» del Partido Colorado.
Pactó con el caudillo Manuel Oribe la elección de Gabriel Pereira como presidente, y en 1865 se exilió en Argentina.
En 1865 triunfó militarme y tomó las riendas del Estado uruguayo con el cargo de «Gobernador Provisorio».
[2][3]En total, la pareja tuvo tres hijos: Manuel, Cecilia y Venancio; siendo este último el más joven.
[4] La familia poseía una estancia con quince esclavos y una casa en Porongos a media cuadra de la iglesia.
[6] Flores se incorporó rápidamente en territorio oriental a la Cruzada Libertadora, en las milicias del coronel Adrián Medina.
Sin embargo, fueron rechazados antiguos blancos que buscaron acercarse, como Cándido Juanicó, Juan José de Herrera y otros.
Giró exigió por su parte que Melchor Pacheco y Obes se marchara del país, conociendo sus intenciones revolucionarias.
Flores fue además designado Comandante General de la Campaña, y pocas horas después salió a efectuar una recorrida por el interior uruguayo.
Para asegurar la nueva administración, el novel gobierno resolvió pedir una intervención brasileña, de acuerdo a las condiciones y tiempo que la Asamblea General admitiese.
El manifiesto fue bien recibido por las clases doctorales, y dio un sentido muy definido a la oposición del gobierno de Flores.
Reunida la Asamblea, Flores presentó su renuncia, asumiendo interinamente el Poder Ejecutivo Manuel B. Bustamante como presidente del Senado.
Esta acción, realizada dentro de la legalidad, dejó sin motivo a los rebeldes, los cuales finalmente depusieron sus armas.
Se sospechó que Flores estuvo dispuesto a entrar en la revolución, pero esta acabó rápidamente y careció de apoyos.
En julio de ese año, Flores junto otros orientales como Francisco Caraballo, Máximo Pérez, Ambrosio Sandes y Fausto Aguilar se embarcaron para ofrecer sus servicios a Mitre.
Berro no tardó en tomar providencias contra una posible invasión de emigrados orientales: dividió el país en cuatro zonas bajo el mando de Diego Lamas, Lucas Moreno, Bernardino Olid y Dionisio Coronel; y Anacleto Medina asumió la Comandancia General.
Asimismo, desde el comienzo de su gobierno, Berro propuso la amnistía a los emigrados, pero fueron prohibidas las divisas políticas tradicionales —blanca y colorada—, desde su exhibición pública en cintillos hasta sus manifestaciones en la prensa.
[70] Sin embargo, el gobierno de Berro experimentó nuevas tensiones a nivel doméstico, entre ellos dos conflictos con la Iglesia católica.
Aunque inicialmente muchos «doctores» colorados rechazaron la invasión de Flores, para luego vincularse a ella cuando resultó triunfante.
A finales del año 1863, Flores recorrió el litoral uruguayo donde recibió material de guerra desde Argentina.
[87][86] El Partido Blanco, a diferencia del gobierno liderado por Berro, se identificó entonces con la situación política presidida por Aguirre.
[91] Andrés Lamas y Florentino Castellanos acompañaron a los extranjeros hasta la conferencia con el general Flores, pero los representantes del gobierno no empeñaron su misión directamente ante Flores porque para el caudillo recibirlos equivalía a reconocer la autoridad del gobierno de Aguirre.
[120] Posteriormente, el presidente paraguayo solicitó la autorización del gobierno argentino para cruzar por sus territorios en Misiones y así invadir la provincia brasileña de Rio Grande do Sul.
[116][128]Pocos días después, el 22 de septiembre, ocurrió la batalla de Curupayty que significó una importante victoria paraguaya; Flores dejó los escasos restos del ejército oriental al mando del general Enrique Castro y en octubre regresó a Montevideo.
[130] Decretada la postergación, distintos grupos opositores fomentaron de un modo u otro movimientos revolucionarios en su contra: blancos en Entre Ríos liderados por Timoteo Aparicio; blancos en Montevideo encabezados por Berro; jóvenes liberales del Partido Colorado, como Carlos María Ramírez, José Pedro Varela, Julio Herrera y Obes, José E. Ellauri, Elbio Fernández, entre otros; y algunos caudillos colorados, siendo el más notorio José Gregorio Suárez, conocido como «Goyo Jeta», o despectivamente como «Goyo Sangre».
[136][150][149] La responsabilidad cayó sobre Eduardo Bertrand, antiguo capitán de Flores convertido en enemigo y cercano a Gregorio Suárez, que huyó a Buenos Aires tras descubrirse el atentado; para luego ser detenidos varios militares sospechosos, entre ellos el mismo Gregorio Suárez, que quedaron libres por falta de pruebas.
[153] Entre tanto, Eduardo Flores, otro de los hijos del caudillo, sostenía por la prensa que su padre debía continuar en el poder.
[154][157][158] Simultáneamente, Timoteo Aparicio invadió desde Entre Ríos la ciudad de Salto, pero su ataque fue repelido y volvió a Argentina.
Flores, caído sobre la vereda, muere en brazos del sacerdote francés Subervielle, que pasaba accidentalmente por allí.
Sin embargo, resultó sorpresivamente electo el general Lorenzo Batlle, ministro de Venancio Flores, por 21 votos contra 20 para Suárez.