A menudo es confundido con su sobrino del mismo nombre, el pintor Francisco Pacheco, maestro y suegro de Diego Velázquez.
Debió de trasladarse muy joven a Sevilla, en donde transcurriría toda su vida.
Pero los elogios más apasionados son los que lo celebran como el más grande de los sabios de su tiempo en Sevilla: “todo cuanto se puede saber, sabe”, afirmaba Juan de Barahona y Padilla (†1589); “profundo ingenio con saber profundo, / luz y claro esplendor del sacro monte, / ejemplar de las ciencias sin segundo” lo llamaba Vicente Espinel (Diversas rimas, Madrid 1591); el también erudito, de la generación posterior, Porras de la Cámara, en un elogio manuscrito, proclamaba que “no hubo en su tiempo capacidad de ingenio que pudiese abarcar la del suyo, ni saber por mayor ni implícitamente lo que Francisco Pacheco explícita y perfectamente supo”.
Sin embargo, su fama, debido a factores como su preferencia, como poeta, del latín, el carácter anónimo y con frecuencia efímero de sus creaciones iconográficas, y el estado inédito en que quedó casi toda su producción, comenzó a apagarse poco a poco, cayendo lentamente en el olvido, del que lo ha rescatado el reciente renacer de los estudios sobre el humanismo español.
-Officia propria Sanctorum Hispalensis Ecclesiae et Diocesis (Sevilla, ca.
Fijó la liturgia de los santos sevillanos hasta la actualidad.
Pacheco compuso numerosos poemas latinos, la mayoría en hexámetros dactílicos, en metros líricos y en dísticos elegíacos, teniendo como modelos predominantes a Virgilio y Horacio.
Destacan los siguientes: -La Macarronea del licenciado Pacheco hecha el año de sesenta y cinco (636 versos endecasílabos macarrónicos).
[11] -Los De constituenda animi libertate ad bene beateque uiuendum sermones duo (“Sermones sobre la instauración de la libertad del espíritu para vivir recta y felizmente”; ca.
Son dos epístolas horacianas (717 hexámetros) de tono neoestoico.
Critican amargamente los males del siglo (injusticias sociales, miseria, guerras, soberbia de los poderosos, falta de espiritualidad del alto clero) y proponen el retiro a la Peña de Aracena, a cultivar las letras, la erudición, la amistad y la espiritualidad.