En 1566 trabajó para el Oratorio de S. Felipe Neri, uniéndose formalmente en 1571 a la congregación por éste fundada.
A Francisco Soto y Felipe Neri les unió una profunda amistad, componiendo numerosos laudes, género que fue particularmente cultivado en los oratorios de S. Felipe.
Estuvo relacionado con la fundación de la "Compagnia dei musicisti di Roma", a la cual otros cantores papales no querían pertenecer.
Soto fue muy famoso como cantor, y sus actuaciones atrajeron grandes multitudes.
Sus obras fueron editadas en gran parte por él mismo y se conocen varias antologías suyas, pero es difícil saber con certeza el número de obras que compuso realmente y cuales son verdaderamente suyas.