Inicialmente, la FAY tenía tres aviones de transporte Nord Noratlas, así como un helicóptero francés Aérospatiale Alouette II.
Dos años más tarde, los tres Nord Noratlas también fueron abandonados y devueltos posteriormente a Francia.
El nuevo equipamiento llegó en 1991 con el Cessna 208 Caravan seguido por aeronaves rusas a principios de los noventa.
Los aviadores yibutianos fueron enviados al extranjero para entrenarse en países como Francia, Estados Unidos, la Unión Soviética, Egipto y Marruecos.
Yibuti posee vehículos aéreos no tripulados, incluidos drones de ataque, vigilancia y reconocimiento.