En 1859, cuando apenas tenía dos años, su padre falleció y su medio hermano mayor asumió el trono.
Para 1860, ya habían conquistado y anexado los ducados de Parma, Módena, y el Gran Ducado de Toscana, por lo que empezaron a invadir el reino siciliano, ocupando la capital Nápoles.
En ese momento, la familia real de las Dos Sicilias fue expulsada del reino, privándolos de sus propiedades y riqueza, lo que obligó a la familia a una existencia nómada y económicamente tensa.
El papa Pío IX ofreció a la familia una residencia en el Palacio del Quirinal en Roma, como agradecimiento por su lealtad.
Mientras, el rey Francisco II y su esposa, María Sofía de Baviera, se dieron a Gaeta, donde resistieron hasta 1861, cuando capitularon.