A pesar de todo continua en el ejército renunciando a participar en política como tantos militares hacían en ese momento.
Durante la revolución de 1868 y sus distintos gobiernos posteriores no acepta ningún honor ni cargo, y solo aceptará ser director del estado mayor cuando es sabido que Alfonso XII será nombrado rey de España.
Con el apoyo del general O'Ryan, Quesada restauró la disciplina en el ejército que debía de enfrentarse a los carlistas.
Durante varios años estuvo destinado en el norte donde comenzaban a surgir movimientos secesionistas al margen del carlismo basados en los fueros.
Senador por la provincia de Álava (1876) y por derecho propio (1877-1889).