Durante el menemismo tuvo una actuación importante allegada al expresidente Moldes se desempeñaba como secretario parlamentario en la Cámara de Diputados, apadrinado por José Luis Manzano, que luego ocuparía el cargo de ministro del Interior.
"Moldes decía: `Yo te traigo esto para que hagas la rectificación, al poco tiempo, Manzano asume como ministro del Interior y comienza una persecución contra mi familia".
[cita requerida] En 2002 se descubrieron nuevas conexiones del traficante Monzer Al Kassar con Germán Moldes, en la investigación sobre narcoterrorismo en Chile y Argentina, escrito por los periodistas Juan Gasparini y Rodrigo de Castro, se descubrió la desaparición de la carpeta con informes sobre Al Kassar, ocurrida en los órganos de seguridad argentinos, circunstancia en la cual involucra, entre otros funcionarios, al propio Moldes, que un año antes había sido nombrado fiscal.
[7] Con la llegada de Carlos Menem a la presidencia de la Nación, Moldes empezó a tener sus primeros espacios relevantes en la función pública, aunque previamente, durante la última dictadura militar, Moldes, se desempeñó como secretario en un juzgado.
Seis meses más tarde fue nombrado fiscal ante los Tribunales Orales en lo Penal Económico de la Capital Federal.
[8] En esa función tuvo a cargo la causa por el homicidio de Walter Vallejos y Ángel Delgado, simpatizantes del Club River Plate emboscados por jefes y referentes de la denominada ”barra brava”[9] finalmente sentenciados hasta 12 años de prisión para el jefe del colectivo que perpetró los homicidios, José Baritta alias “El Abuelo”.
Moldes mantenía tiene una fuerte amistad con muchos de los funcionarios investigados por encubrimiento del atentado a la AMIA.
En 1996 el Diario Clarín denunciaba que ya como fiscal de la Cámara Federal Germán Moldes decidió no aceptar la investigación por irregularidades en el PAMI, ya que el fiscal habría llegado a su cargo por tener excelentes relaciones con el menemismo", relatava Clarín por entonces.
[14] En 2016 abrió una causa contra Cristina Fernández el canciller Héctor Timerman, funcionarios y legisladores[15] El CELS recordó que, "en 1997, Moldes había propuesto a la sobrina del ex jefe de la SIDE menemista y señalado como pieza clave del encubrimiento, Hugo Anzorreguy como fiscal adjunta de la Cámara Federal, quien fue finalmente nombrada".
Germán Moldes, no mantuvo el recurso de apelación que había impulsado el fiscal federal Federico Delgado con lo cual la causa quedó archivada.
[18] Ese mismo año dejó caer también la causa contra el diputado del Pro y actual Presidente del Banco Central, Federico Sturzenegger en la causa por el "Megacanje" donde fue sobreseído por la operación financiera de deuda pública perpetrada en 2001 durante el gobierno de la Alianza porque el fiscal Moldes no apeló.