Su posterior servicio como comandante de cuerpo y el resto de su carrera militar se arruinaron durante la batalla de Five Forks, cuando fue relevado del mando del V cuerpo por Philip Sheridan, que alegó que Warren se había movido con demasiada lentitud.
Su hermana, Emily Warren Roebling, desempeñaría más tarde un papel importante en la construcción del puente de Brooklyn.
[3] Fue ascendido a coronel y comandante del regimiento el 10 de septiembre.
Siguió liderando la brigada en la Segunda Batalla de Bull Run, sufriendo grandes bajas en una heroica resistencia contra un abrumador asalto enemigo,[9] y en Antietam, donde el V Cuerpo estaba en reserva y no vio ningún combate.
Cuando el general de división Joseph Hooker reorganizó el ejército del Potomac en febrero de 1863, nombró a Warren su ingeniero topográfico jefe y luego ingeniero jefe.
Lee comenzó su invasión de Pensilvania, Warren asesoró a Hooker sobre las rutas que debía tomar el ejército en su persecución.
No obstante, Sheridan relevó a Warren del mando en el acto[12] y lo asignó a las defensas de Petersburg y luego brevemente al mando del Departamento de Misisipi.
Sirvió como ingeniero durante 17 años, construyendo ferrocarriles, con asignaciones a lo largo del río Misisipi, alcanzando el rango de teniente coronel en 1879.
Pero la carrera que había sido tan prometedora en Gettysburg se arruinó.
Numerosas peticiones fueron ignoradas o rechazadas hasta que Ulysses S. Grant se retiró de la presidencia.
[13] Por desgracia para Warren, estos resultados no se publicaron hasta después de su muerte.
El Premio G. K. Warren se concede aproximadamente cada cuatro años por la Academia Nacional de Ciencias.