Sin embargo, la cesión de las misiones jesuíticas a los portugueses era un precio oneroso para los obsesionados dirigentes políticos españoles.
Desde su establecimiento, en 1609, los jesuitas habían podido crear una barrera real a la penetración portuguesa en el Río de la Plata y el Paraguay, conformando, de hecho, las únicas poblaciones permanentes en una frontera irresoluta y tradicionalmente despoblada, hecho que había facilitado el avance lusitano sobre ella.
Por otra parte, los jesuitas habían conseguido con la persuasión lo que los conquistadores rara vez pudieron con la espada: la pacificación del indio en aquella zona de América, y su conversión en trabajador disciplinado y convertido al cristianismo.
Para las comunidades indígenas, dirigidas por los religiosos, las perspectivas aparecían como funestas, lo que desencadenó la resistencia a la entrega del territorio.
[1] A mediados de 1752 el cabildo y los caciques de San Juan Bautista se declararon en rebeldía y tomaron las armas de fuego que se mantenían bajo llave por los jesuitas, poco después ocurrió lo mismo en San Miguel, Santo Angel y luego los demás pueblos.
En ese lugar debía encontrarse el jesuita Tadheo Ennis para recibir a los demarcadores, pero estos se encontraron con una guarnición armada guaraní que les impidió el paso a sus territorios.
En una junta celebrada en la isla Martín García entre Valdelirios, Gomes Freyre y Andonaegui, se acordó que además de los cuerpos veteranos se convocarían milicias de Montevideo, Santa Fe y Corrientes.
Sin embargo el mal tiempo imposibilitó la campaña y una columna destacada hacia Yapeyú fue aniquilada por los guaraníes al mando de Rafael Paracatú, cacique de Yapeyú, por lo que Andonaegui desistió de continuar y se retiró desde el río Ibicuy hasta el Salto Chico del río Uruguay el 10 de agosto, siendo hostilizadas sus tropas por los rebeldes, aunque lograron capturar a Paracatú en el combate del Daymán y llevarlo a Buenos Aires.
Los portugueses también debieron abandonar la campaña tras un armisticio celebrado en noviembre de 1754 en el río Yacuí.
Los guaraníes evitaron dar batalla y se limitaron a realizar una guerra de guerrillas.
Quedaron en el campo de batalla 1511 guaraníes muertos, entre ellos el propio caudillo Ñanguirú y 154 prisioneros, unos pocos centenares lograron huir.
A pesar de que en una posterior campaña Ceballos destruiría Colonia del Sacramento (1777) y volvería a hacer retroceder a los portugueses en el actual territorio de Río Grande do Sul, las misiones al este del río Uruguay jamás se recuperaron del desastre aunque fueron reconstruidas.
En 1801, durante la Guerra de las Naranjas, los lusobrasileños las ocuparon, con una tropa mínima al mando del comandante José Francisco Borges do Canto, incrementando su territorio en la Invasión portuguesa de 1811.