Tampoco se puede negar que su hermetismo y ortodoxia dieron lugar a la gran Reforma europea; que junto a ella, se trae el cristianismo protestante más cercano al pueblo, a diferencia de la católica que con la implantación del Tribunal de la Inquisición vio opacada aquella primera obra de bondad y esperanza, como la enseñada por el maestro carpintero.
Los reyes católicos al recibir texto del pontífice Alejandro VI –español- de que las tierras encontradas fueran pertenencia de la Corona Española, además incitaron a que aquellos habitantes fueran evangelizados, mediante el catolicismo-cristianismo.
En lo que atañe al territorio conocido como Honduras, jurisdicción de la Nueva España, sus habitantes empezaron a sentir el cambio cultural y religioso en carne propia.
[11] 1568 El Santo Tribunal de La Inquisición, se establece en las colonias americanas, teniendo sus temidas sedes en México y Perú.
[13] 1603 los frailes franciscanos Esteban Verdalet y Juan de Monteagudo, intentaron evangelizar la Mosquitía, bajaron la cuenca del río Coco, pero al ser abandonados por los tres indios guías e intérpretes, regresaron a Comayagua.
Más allá del río Guayape, los misioneros fundaron un poblado en 1610 con indios Lencas, Tawahkas y Nahuas.
1690 Se nombra Custodios de Santa Catarina Comayagua a unos padres como doctrineros, vicarios, predicadores, entendidos en lenguas mexicana y lenca.
Mientras en América del Norte comienza una gran colonización de ingleses, holandeses, franceses, alemanes, escoceses, irlandeses, rusos, etc.
Quienes llevan sus creencias cristianas, luteranas, calvinistas, metodistas, anglicanas, moravas, bautistas, etc. a aquellos sitios vírgenes.
Los nuevos estados ya independizados, declaran en sus constituciones que la creencia religiosa es el cristianismo, aunque con matices laicas; se declara la guerra contra las órdenes y fraternidades cristianas católicas, al verlas como un elemento de conservadurismo y lealtad hacia la monarquía española de Fernando VII de Borbón, que ve cómo su gran Imperio se reduce en gran medida.
Su obra conocida fue: "Propositiones de iure naturali, Romano, Hispano atque Indico defendendae" libro sobre derecho publicado en 1801, en Guatemala.
1844 Debido al auge de la población inglesa, se establece la Iglesia Morava en la Mosquitia, tanto nicaragüense como hondureña.
1854 a 1857 el obispo Hipólito Casiano Flores, intento la reforma del clero, ya que habiéndose declarado Honduras un estado laico se intentaba separar a la Iglesia del gobierno, en 1856, clausuró el Colegio Tridentino de Comayagua y recibió al fraile misionero Manuel de Jesús Subirana en Honduras.
1857 El misionero Manuel de Jesús Subirana originario de Vich, Cataluña llega a Honduras y comienza su obra misionera y apostólica entre La Mosquitia hondureña, evangelizando a Zambos, Payas, Misquitos, Jicaques, Toacas, Sumos caribes.
Con la llegada de la inmigración China, estos trajeron a Honduras su religión practicante, el Budismo; los primeros chinos se asentaron en la costa norte y luego en Tegucigalpa, debido a la afluencia comercial entre esta ciudad y San Juancito sede de la Rosario Mining Company.
A finales del siglo XIX, se fundan Iglesias Anglicanas en La Ceiba, Puerto Cortés y Tela.
[36][37] 1944 Misioneros de la Misión Mundial Cospel (enseñanza evangélica) se establecen en Tegucigalpa, Honduras, liderada por la california Yearly Meeting of Friends.
1950 La Comunidad Judía en Tegucigalpa, presidida por Helmut Seidel, solicitaron la construcción de una sinagoga, la respuesta no tuvo buenos resultados y más tarde se organizó la sociedad judía en la ciudad de San Pedro Sula, donde sí hubo un permiso para establecer y construir una sinagoga propia.
[46] 1978 Aparece la Brigada Asociada de Amor Cristiano en Honduras, liderada por el pastor cubano Mario Fumero, quien trabaja en obras misioneras en Tegucigalpa desde 1971.
[47] 1978 Aparecen los Grupos de Amor Viviente o “Living Love Groups” en Honduras, liderados por el misionero Edward King, este grupo se encuentra afiliada a las Misiones de Caridad Menonitas del Este (Eastern Mennonite Board of Missions and Charities) la afiliación contaba con 700 personas.
Luego fue difundiéndose en San Pedro Sula (1978), La Ceiba (1978), Tegucigalpa (1978), Danlí (1979), Choluteca (1979), Santa Rosa de Copán (1980).
De aquí salió el pastor René Peñalba en 1980 quien lideraría “Amor Viviente” en Tegucigalpa.
[57] los mormones en su principio tuvieron problemas con los garífunas, como también la mayoría de Iglesias Independientes evangélicas y fundamentalistas.
Flores Sevilla fue buscado por familiares, amigos y compañeros en postas policiales, hospitales, batallones sin rastro alguno.
[61][62] 1983 Comienza a funcionar en Honduras la Christian Broadcasting Network de Pat Robertson, con su programa estrella el The 700 Club.
Posible año en que es desaparecido (asesinado) el padre jesuita James Francis Carney conocido como "Guadalupe",[64] por miembros del Escuadrón de la muerte Batallón 3-16, la versión está en investigación.
[65] 1984 Comienzan a difundirse por Canal 5, el programa dominical del Pastor Jimmy Swaggart.
La Iglesia Misionera Hermanos Cristianos en este año reportaron 164 congregaciones y cerca de 15.000 miembros.
Son atendidos tanto por las fundaciones ONG’S: CARITAS, WOLD VISION, ACNUR, SAVE THE CHILDREN, WORLD RELIEF, LIGHTHOUSE MINISTRIES, etc.
[67][68] 2000 En este año, existían 41 congregaciones episcopales (iglesias y misiones) en Honduras, con alrededor de 2900 miembros.