Según algunos autores, la población tuvo una profunda influencia olmeca, cultura que se extendió desde los ríos Grijalva hasta el Papaloapan.
Durante la expansión del imperio mexica, la ciudad era conocida como "Atlizintla", cuyo significado es: "junto al agua abundante".
Al ser este puerto un fondeadero considerable para las naos, fragatas y barcos que llegaban forzadamente desde La Habana, Cartagena de Indias, Campeche, Tabasco y Coatzacoalcos, se comenzó a observar el fenómeno del contrabando de mercaderías, botijas de vino y esclavos negros.
Esta situación no cambio sino hasta 1769, año en que Tlacotalpan readquirió su perdido señorío.
Durante el primer trienio del siglo XVIII, se vio nacer la primera escuela oficial en el entonces creciente San Cristóbal de Alvarado.
Fue precisamente en el año de 1737, que Fray Nicolás Cortés Mendoza y Casasola, fundó la "Escuela Real".
Esta institución trabajó con este título hasta luego de la independencia en que la titularon simplemente Escuela Municipal, posteriormente se le renombró a Escuela "Carlos A. Ramón", nombre de un ilustre alvaradeño que entregó gran parte de su vida a la docencia.
En las primeras décadas del siglo XIX, San Cristóbal de Alvarado continuaba regido por el gobierno colonial.
México, Puebla, Oaxaca, Veracruz y Michoacán formaron una de esas divisiones regidas por un jefe superior político nombrado por el rey; a su vez cada una de las provincias era gobernaba por un jefe político.
Después de varias horas más de lucha el general Bravo se retiró en plena derrota, sufriendo los insurgentes un duro revés que trajo graves consecuencias para el general.
Una vez promulgada la Independencia en 1821 Santa Anna defendía la causa de Iturbide.
Seguramente con un plan ya premeditado, Santa Anna continuó sus acciones con gran maestría.
Y ante estos hechos Rincón, el capitán José Durán y varios vecinos de Alvarado, al no poder aceptar los términos del documento propuesto por los comisionados, se hicieron a la mar en el bergantín "Júpiter" con rumbo a Campeche.
El día 20 del mismo mes, las fuerzas Santannistas, comandadas por el coronel Rodríguez, se detuvieron en "La Entradilla", y amagaron la plaza.
Puesta a consideración del Congreso, éste encaminó sus labores hacia una nueva organización política, la cual dividió el territorio del estado en cuatro departamentos, de los que dependían 12 cantones, a saber: El primer departamento con capital Veracruz, y los cantones de Veracruz (al que pertenecía Alvarado), Misantla, Papantla y Tampico.
El barco mexicano logró escapar y los estadounidenses recibieron la orden de retirarse.
Al mando del Comodoro David Conner, los vapores Princeton, Mississippi, Cumberland y Raritan bombardearon la villa desde mar a dentro y los USS Bonita, Flirt, Petrel y Reefer intentaron entrar el puerto de Alvarado, sin éxito, dadas las fuertes corrientes que impidieron dicha entrada; cuando las condiciones meteorológicas empeoraron, el comodoro Conner retrasó el asalto del puerto y se retiró hacia Antón Lizardo.
Durante este periodo, el gobernador del Estado, don Luis Mier y Terán, hacia 1879, mandó construir, en las afueras de la ciudad, una casa amplísima en forma de U con el frente hacia el sur.