En 1912 se produce el traslado del hospital de nuevo, en esta ocasión a los Altos del Hipódromo en la carretera de Chamartín, donde se amplió su capacidad hasta 120 camas para atender a niños con tumores blancos, mal de Pott, raquitismos y parálisis infantil.
En 1915 se declara el Asilo San Rafael como Establecimiento de Beneficencia particular.
[1] En 1936 es incautado por la Junta de Beneficencia y Asistencia Social, instalándose en el mismo, primero una cárcel de mujeres, y más tarde un Hospital Militar (Hospital número 21), hasta que en 1939 vuelve a ser asilo infantil.
[1] En 2004 el hospital obtiene el Sello de Calidad Europea, a través del Modelo EFQM.
Además se incorpora la Rehabilitación Cardíaca y la Unidad de Epilepsia Compleja.
Además, los profesionales sanitarios cuentan con historiales clínicos informatizados para agilizar las consultas.