Los primeros vestigios que indican la presencia del hombre en su territorio datan del final del Paleolítico Inferior —hace unos 10 000 años—, aunque, a lo largo del Paleolítico Medio (Musteriense), esta ocupación se hizo más patente y generalizada en forma de pequeños grupos que nomadeaban por los valles de los ríos Mayor y Borbotón, encontrando en sus márgenes no solo caza, pesca y abrigo, sino también el abundante material de sílex —pedernal—, con el que fabricaban sus distintos útiles y herramientas.
Tras una hipotética presencia visigoda, el actual núcleo de Huete entró verdaderamente en la historia en la Edad Media durante el período andalusí, ya en su fase emiral, tal como constatan las fuentes escritas y arqueológicas, siendo conocida como Wabda.
Tras morir en esta ciudad (1091), tanto Huete como sus tierras particulares al sur del Tajo pasaron a manos de Álvar Fáñez.
A lo largo del siglo XII, al estar en la vanguardia del reino por su parte más oriental, Huete fue adquiriendo un papel cada vez más destacado frente al poder andalusí.
Ello explica que el ejército almohade —el nuevo poder africano dominante en al-Ándalus en ese momento—, en julio de 1172, y dirigido por el propio califa Abu Yaqub Yusuf (Yusuf I), se dirigió contra Huete, cercándola durante diez días.
De esos críticos momentos data el patronazgo de las santas Justa y Rufina, pues la tradición narra que el 19 de julio, durante el cerco almohade y tras fracasar el último asalto del califa, cayó tal tormenta en Huete que llenó los secos aljibes de la fortaleza, permitiendo así que los defensores esperaran, sin los apuros anteriores, la llegada del rey Alfonso VIII para poder desbaratar los planes del ejército sitiador.
En esta época también tendría su origen el escudo de la ciudad: un león rampante sobre una media luna menguante en campo azul.
Durante el período trastámara, en 1388, Juan I dio Huete a Doña Constanza, hija mayor de Pedro I y duquesa de Lancaster, con el fin de resolver el problema dinástico que en ese momento se daba al aspirar ésta al trono castellano.
Así, durante el reinado de Enrique III, diversos linajes fueron alcanzando un progresivo protagonismo en las comarcas cercanas a ella, y que a la postre convirtieron en señoríos, rápidamente ampliados hasta convertirse en importantes estados señoriales.
En el siglo XIX, el rey Fernando VII, durante el verano de 1816, permaneció varios días en la ciudad.
Aquella obra contaba con dos torres rematadas en chapitel de pizarra en los extremos y dos bellas portadas, una con columnas para la iglesia y otra más discreta para la portería, todo ello desaparecido.
Desde julio de 2022 ya no circula el tren convencional que unía Aranjuez con Valencia pasando por Cuenca y por gran número localidades de Toledo, Cuenca y Valencia.
[6] Actualmente está disputando la segunda división regional de Castilla-La Mancha;[7] siendo su máximo logro haber jugado, durante varias temporadas, en la categoría Regional Preferente, solo un escalón por debajo de la categoría nacional (tercera división).