En 1872, el nombre se cambió a Alabama Conference Female College, ya que el colegio quedó bajo los auspicios de la Iglesia Metodista Episcopal.
Mientras la universidad y el Sur luchaban por reconstruirse después de la Guerra Civil, los líderes universitarios creyeron que necesitaban trasladar la institución a una ciudad más poblada y eligieron la capital del estado, Montgomery.
Los estudiantes y el rector William Martin se mudaron a Sullins College, en Virginia, para ese curso, y continuó la construcción del primer edificio de la universidad, John Jefferson Flowers Memorial Hall.
El Chronicle of Higher Education incluyó a Huntingdon en 2014 entre las "universidades de más rápido crecimiento en Estados Unidos".
La universidad se expandió a lo largo de Fairview Avenue y agregó el campus Cloverdale en 2001.
Los deportes masculinos incluyen béisbol, baloncesto, campo a través, fútbol, golf, lacrosse, fútbol, tenis y lucha libre; mientras que los deportes femeninos incluyen baloncesto, voleibol de playa, campo a través, golf, lacrosse, fútbol, sóftbol, tenis y voleibol.