En principio se ubicó en una pequeña mezquita, la Jima Abraen, situada en la actual calle Navas.
Las obras concluyen en 1550, siguiendo la tipología de iglesia mudéjar con reminiscencias góticas ligadas a modelos levantinos.
El inmueble se conforma por una sola nave con cabecera poligonal y cubierta a dos aguas que se sustenta sobre cuatro arcos diafragmas apuntados, trasdosados angularmente para sujetar las vigas de la armadura, conformando cuatro tramos rectangulares, cubiertos con falsas bóvedas de yeso realizadas en 1775 por Juan Castellanos decoradas con nervios y lunetos adornados con molduras y pinturas.
Los nervios descansan sobre capiteles corintios dorados con semicolumnas estriadas y adosadas, prolongándose hasta el suelo.
La capilla mayor aparece individualizada mediante un arco toral, a través del cual se accede desde la nave por una escalinata de siete escalones y cubierta por armadura octogonal.
El techo contiene pinturas murales, donde se representan querubines jugando y en la cubierta que da a la capilla mayor se ubica un Niño Jesús de la Pasión, portando cruz de madera en la mano derecha, coronado por nimbo solar y flanqueado por angelotes.
Se representa a San Martín, montado sobre un caballo blanco, compartiendo la capa con un mendigo; también se representa la Virgen del Carmen entregando un escapulario a un santo, y San Jorge luchando con el dragón.
El cuerpo principal presenta una procesión y la escena de un asno arrodillado ante San Antonio.
El conjunto muestra elementos ornamentales, tales como hojarascas, volutas y escudo en la parte superior central, completando su decoración con pinturas de diferente temática sobre placas de mármol, elevándose el conjunto sobre un altar realizado en madera.
En la misma capilla se encuentra el sagrario, fechado a mediados del XVII, que tiene forma de templete, y aparece formado por cuatro columnas estriadas corintias sobre pedestales, que sustentan un entablamento decorado con motivos circulares, con remates de flameros y cubriéndose con cúpula nervada adornada con cenefas vegetales.
Sobre la mesa de altar hay dos pequeños bustos que representan las ánimas benditas del purgatorio.
La calle central tiene una hornacina acristalada en arco de medio punto, que contiene la escultura del Sagrado Corazón.
El cuerpo principal queda separado del ático por una cornisa, siendo curvilínea en la calle central.
La calle central del ático tiene una pintura que representa la adoración de los Magos, y las calles laterales unos tondos que representan a San Juan Bautista a la derecha y San Juan Evangelista en el lateral izquierdo.
Ubicado en los pies, tiene un cancel, fechado en 1762, formado por cinco paños decorados con cuarterones, y rematado por una barandilla abalaustrada que presenta tres puertas, la central más ancha que las laterales; dicho cancel contiene la siguiente inscripción: Al exterior el templo cuenta con tres portadas, dos de ellas sin acceso realizadas en piedra del estilo de Siloé, una situada en el lado del Evangelio y la otra en el lado de la Epístola, accediéndose únicamente por los pies del templo.
La portada principal se sitúa a los pies del templo, trazada por Sebastián de Alcántara y realizada por el cantero Juan Ruiz, en 1543.
La portada cuenta con altos pedestales que sostienen columnas corintias de fuste estriado, superpuestas a dobles pilastras corintias, enmarcando un arco de medio punto moldurado con una ménsula vegetal en la clave, en cuyas enjutas destacan medallones con cabezas en relieve y, a su alrededor, leones alados cuyos cuerpos terminan en roleos vegetales.
Encima se encuentra un friso que desarrolla un ornato compuesto de rosetón central con figuras simétricas a ambos lados.
La portada culmina en la fachada con dos escudos del arzobispo Niño de Guevara y carteles con la inscripción: STE MATHYA, ORA PRO NOBIS.
Sobre dicho entablamento destaca una hornacina avenerada con la charnela en la parte superior y rematada en arco de medio punto, conteniendo la imagen sedente de la Virgen con el Niño, quedando enmarcada entre pilastras corintias que sustentan un entablamento coronado por un frontón triangular.
En el campanario aparecen seis arcos, dos en los laterales más anchos y uno en cada uno de los frentes.