Construida en sillería con planta de cruz latina y cabecera rectangular orientada a levante, alberga una única nave.
Se accede a la iglesia por el lateral meridional a través de una portada de estilo gótico, datada en el siglo XVI, y decorada con motivos animales y vegetales.
En cambio, las bóvedas próximas al crucero, así como los muros de la cabecera fueron claramente reconstruidos con posterioridad, debido a algún derrumbe.
Su retablo mayor está compuesto de banco y dos cuerpos distribuidos en cinco calles, se finalizó a principios del siglo XVII.
Fue una obra conjunta del arquitecto Martín de Nalda y del escultor arnedano Antonio de Zárraga, dedicando principalmente el primer cuerpo a San Saturnino y segundo a la Virgen María; también se destaca la representación de la Santísima Trinidad en su coronación y los cuatro evangelistas en su base.