La capilla mayor se debió hacer hacia 1593 por los mismos maestros que el resto del edificio.
La iglesia tiene tres retablos principales: el central de estilo neoclásico posterior a 1936 ya que el anterior retablo de estilo barroco fue destruido durante la Guerra Civil, dedicado a Santiago Apóstol que es al que está dedicado la iglesia.
En la parte superior del retablo se encuentra una imagen en mármol blanco de Santiago Matamoros a caballo, con espada y estandarte de la cruz santiaguista.
Ahora en ella, está instalado el museo por el que se tiene acceso al camarín de la Virgen del Rosario, restaurado a finales del siglo XX, aunque sólo en parte y que sirve para vestir a la Virgen y se abre en las fiestas principales para venerar a la patrona; los magníficos herrajes de las puertas de este, fueron realizados por Francisco Álvarez en 1726 y las pinturas del mismo por el pintor mallorquín Cristóbal Flaquer cuatro años después.
Durante la guerra de la Independencia a iglesia sufrió grandes daños, sobre todo en su cubierta y torres por las tropas francesas al ser utilizadas por sus vigías, ya que por su gran altura dominaban muchos kilómetros a la redonda.