Sin embargo, los administradores neerlandeses respaldados por tropas australianas llegaron a la zona previamente controlada por la armada japonesa e impidieron que los republicanos establecieran una administración.
[8][9][10] Ese estado se estableció el 24 de diciembre y, el 27 de diciembre, pasó a llamarse Estado de Indonesia Oriental (Negara Indonesia Timoer o NIT, que algunos opositores bromeaban que significaba negara ikoet toean o "estado que acompaña al maestro", es decir, al gobierno neerlandés).
[11] Sin embargo, muchos en el este de Indonesia, con su población no javanesa y un mayor número de cristianos, se opusieron a los movimientos hacia un estado unitario.
[11] Indonesia Oriental ya se había ocupado del movimiento secesionista de la "Duodécima Provincia" en Minahasa en 1948.
[12][13] El estado iba a tener un presidente ejecutivo que nombraría un gabinete y una legislatura.
[17][18] El estado de Indonesia Oriental se dividió en cinco residencias que a su vez se dividieron en distritos (afdeling) y subdistritos (onderafdeling), una estructura administrativa heredada de los neerlandeses.
[22] El área restante del estado que no formaba parte de las swaprajas comprendía regiones directamente gobernadas (rechtstreeks bestuurd gebied).