El consejo de la iglesia respondió que debía encarcelar a Isabel.
Esto provocó un debate público en el que los monarcas protestantes y su hermano, Cristián II de Dinamarca, así como el mismísimo Martín Lutero apoyaron su libertad para dejar a su marido con motivo de su religión.
En 1532, falleció su tío y su hermano Cristián fue encarcelado, perdiendo así a sus principales valedores.
En 1535, Joaquín murió y sus hijos le pidieron a Isabel que regresara a Brandeburgo, pero cambiaron de parecer cuando ella demandó que las parroquias situadas en las tierras de su dote se convirtieran al protestantismo.
Eduviges celebraba misas católicas en su capilla privada, y a Isabel tampoco le gustaba que su nuera no supiera hablar alemán.