El puerto funcionó hasta 1860 aproximadamente, cuando la peste bubónica llegó en un barco mercante y causó una epidemia que diezmó a la población.
Los sobrevivientes abandonaron Islay y huyeron hacia el vecino pueblo de Mollendo, que pasaría a convertirse en el nuevo centro portuario del sur del Perú hasta 1952, fecha en la que entró en funcionamiento el actual puerto y ciudad de Matarani.
Todas las construcciones de caña y quincha que mencionan las crónicas no han resistido el paso del tiempo, pero aún es posible observar las bases de piedra que sirvieron como soporte.
Debido a que el sitio arqueológico no ha sido estudiado a profundidad ni se ha escrito literatura especializada al respecto, ha sido susceptible al abandono total por parte de las autoridades locales.
Debido a ello, la construcción y funcionamiento del puerto de Matarani ha ocasionado graves daños al sitio arqueológico, destruyendo muros y recintos para la habilitación de zonas industriales.