Fue consejero del Gobierno de Navarra en tres legislaturas; una durante el Gobierno de Juan Cruz Alli (Educación, Cultura y Deporte), otra en el primer gobierno de Miguel Sanz (Educación, Cultura, Deporte y Juventud) y una tercera en el segundo gobierno de Sanz (Medio Ambiente, Ordenación del Territorio y Vivienda).
[3] Biólogo de profesión, Marcotegi ha tenido una larga trayectoria en la política.
Fue Consejero de Educación, Cultura y Deporte (1991-1995).
Tiempo después, Miguel Sanz le nombró consejero de Educación, Cultura, Deporte y Juventud (1996-1999);[5] y de Medio Ambiente, Ordenación del Territorio y Vivienda (1999-2003).
Está casado con Ana María Barber y tienen cuatro hijos:[7] Ana, Miguel, Beatriz e Isabel Marcotegui Barber.