En 1954 llegó a España como colaborador del CSIC, llevando a cabo excavaciones e investigaciones arqueológicas sobre la Prehistoria en Píñar, Gorafe, sierra Arana, Baños de Alicún (Villanueva de las Torres), y Campotéjar; estudios del cante jondo, de la cerámica popular en Granada y Almería y trabajos etnográficos en La Alpujarra.
Recorrió diversas regiones de Sudamérica: Tierra del Fuego, Patagonia, Argentina, Bolivia, Ecuador, Colombia, Guatemala e islas del Caribe, estudiando a los pueblos incas, mayas y otras culturas indígenas, conviviendo con ellos y publicando, sobre todo a partir de 1971, libros de carácter divulgativo y documentales cinematográficos.
A partir de 1984 visitó países asiáticos como Nepal, Sri Lanka, Birmania, Tailandia, Malasia, Indonesia, Japón, Corea del Sur y Filipinas,[1] teniendo previsto visitar China, donde esperaba poner punto final a su carrera de etnógrafo.
Se pueden distinguir dos periodos claramente diferenciados en la producción de Spahni: los artículos correspondientes a sus investigaciones arqueológicas, difundidos en publicaciones especializadas entre 1948 y 1970, y los libros de carácter divulgativo, profusamente ilustrados con fotografías tomadas por él mismo o por colaboradores, que encajan en su faceta de etnólogo.
Sin embargo, la precisión y fidelidad con las que describía vida y costumbres indígenas, la amplia difusión que alcanzaron sus libros y la calidad de sus trabajos etnográficos, hacen de él un etnólogo peculiar y destacado, con perfil comparable al de antropólogos pioneros ginebrinos del siglo XIX, en el que se mezclan tanto evolucionismo como romanticismo.