Nacido en el Reino de Hungría, en la entonces ciudad húngara de Pozsony/Presburgo (hoy Bratislava), sus antepasados habían emigrado ahí desde Estiria en el siglo XVIII.
En 1725 Segner empezó estudiar en la Universidad de Jena.
Segner obtuvo un título de médico en 1729 y regresó a Presburgo, donde empezó a trabajar como tal, así como en Debrecen.
En 1732 regresó a Jena para obtener el grado de maestro.
En 1755 fue nombrado profesor en Halle, donde estableció un observatorio.