Su sobrenombre en la naval es 'Snake, y se le es reconocido como uno de los hombres más hábiles para desplazarse por territorio enemigo durante la oscuridad.
Su primera esposa, Patricia, por quién es probable que haya nombrado a su segunda hija, murió en un accidente automovilístico cuando su auto fue arrollado por un furgón.
Al mismo tiempo, Kelly libera una guerra propia contra un cartel de drogas cuyos miembros asesinaron a su novia, Pamela Madden; Kelly tiene éxito en eliminar al cartel, pero la policía de Baltimore (que incluye a Emmet Ryan, el padre de Jack Ryan) logra identificarlo como el hombre que asesinó a todos los narcotraficantes.
En Pánico Nuclear, Clark es el conductor personal y guardaespaldas de Ryan.
Luego, ambos son enviado a Japón para evaluar el comportamiento nacional del país.
Con la cooperación del SVR ruso, que trabaja con los estadounidenses, se infiltran en Teherán, donde ponen un rastreador láser en la casa del dictador de la RIU, Mahmoud Daryaei, para que la fuerza aérea pueda destruir su casa y así matarlo.
Esta unidad especial es creada posteriormente, con su base en Hereford, Inglaterra; su nombre clave es Rainbow Six, y Clark es su comandante.
También se defiende exitosamente de un ataque realizado con el Ejército Republicano Irlandés Provisional contra su base; luego se descubre que este ataque fue ordenado por un grupo radical ecoterrorista, al cual Rainbow le da cacería y lo destruye.
Es un Mayor General simulado en Rainbow Six, aunque realmente solo alcanzó el rango de Chief Boatswain's Mate durante su carrera en la naval.
John Clark ha sido interpretado por Willem Dafoe en Peligro inminente, por Liev Schreiber en Pánico nuclear y por Michael B. Jordan en Sin remordimientos.