Cuando nació, la familia estaba integrada en el medio aristocrático e intelectual de Irún, trasladándose a Portugal cuando José Francisco era aún niño.
Entre 1858 y 1859 fue director artístico del Teatro de Variedades, con José Maria Braz Martins.
Cuando falleció João António Ribas, fue invitado por algunos de los más influyentes músicos portuenses, incluyendo su cuñado, el flautista Hipólito Medina Ribas, para sucederle en la dirección de la Unión Musical, al tiempo, la más importante asociación profesional portuguesa.
En 1846, con Francisco Eduardo da Costa, fue uno de los socios fundadores del Montepío Filarmónico Portuense, una asociación mutualista de protección a los músicos y otros artistas.
También produjo música para banda, destacándose la composición Marcha fúnebre dedicada al rey Carlos Alberto de la Sardenha (1849).