Cuando la política del gobernador de Corrientes Pedro Ferré (el cual temeroso de que el general Paz realice lo mismo que hizo el general Juan Lavalle con el anterior ejército correntino), despojó del mando del ejército correntino a Paz y lo retiró a su provincia.
Luego siguió nuevamente a Paz a Corrientes, donde se alistaban las fuerzas que se enfrentarían con Juan Manuel de Rosas, gobernador de Buenos Aires.
A escondidas de las autoridades se trasladó a Buenos Aires, y se puso a los servicios del gobernador Pastor Obligado; Obligado lo destinó al mando del general Manuel Hornos, quien lo nombraría jefe de su escolta en octubre de 1854.
Fue trasladado nuevamente a Santa Fe por su delicado estado de salud, situación que duraría hasta 1867, año en que el gobernador lo envió a la provincia de Córdoba para someter al insurrecto Simón Luengo.
En 1872 se instaló en el paraje San Fernando (actual provincia del Chaco), sobre los terrenos que había ocupado la reducción de San Fernando del Río Negro.
Su quinta contaba con una pequeña dotación de seguridad que repelía los incesantes ataques indígenas, y cuando una comitiva nacional recorrió la zona en 1875 a fines de demarcar los lugares desde los cuales se poblaría el Territorio Nacional del Gran Chaco, se consideró la chacra de Ávalos como el asentamiento blanco más prometedor del lugar.
Una versión popular asegura que el coronel Ávalos mató al cacique Leoncito en estos acontecimientos en un combate épico; esta aseveración es falsa, ya que Leoncito murió años después en un enfrentamiento con un cacique toba.