[3] Su familia la formaban ricos propietarios yungueños e incluía a sus medio hermanos mayores Manuel Victorio y Gregorio García Lanza, hijos de su padre con su primera esposa, Nicolasa Mantilla.
Los revolucionarios fueron sangrientamente aplastados por el general José Manuel de Goyeneche, enviado por el virrey del Perú.
José Miguel Lanza estaba estudiando en Córdoba, cuando sus medio hermanos fueron ejecutados en La Paz por participar en la revuelta.
Tras la derrota en la batalla de Ayohuma, fue uno de los líderes militares que mantuvo en constante alarma al ejército realista, con lo que facilitó y colaboró con el regreso al Alto Perú del Ejército del Norte.
No logró obtener victorias apreciables, pero permaneció en armas contra los realistas por todo el tiempo que duró la guerra de independencia.
Los realistas lograron casi un año de paz firmando una capitulación con Lanza, con la que le reconocían el derecho a no ser atacado en su reducto.
En octubre de 1823 se atrevió a hacer frente abiertamente al general Pedro Antonio Olañeta, pero fue vencido por completo en Falsuri.
Al año siguiente, un grupo de oficiales patriotas tomados en la sublevación del Callao fueron conducidos presos a La Paz.
Poco después, recibió allí al general Sucre, y fue nombrado comandante del ejército local.
Ese motín llevaría, unos días más tarde, a la renuncia del presidente Sucre.