La muerte de sus padres ensombreció al porvenir del joven Pacheco; pero el capítulo, comprendiendo su mérito, dispuso que el maestro de capilla Santavalla lo recogiera y le enseñase en su casa.
Tras cambiar la voz, trabajó como organista, mientras estudiaba composición y educaba a los infantes.
En 1804 dirigió la capilla musical por primera vez, con unos villancicos que había compuesto él mismo.
[2][3] Al fallecer Santavalla en 1805 y restando vacante su plaza en la catedral, el capítulo nombró a Pacheco para ocuparla, en febrero del año siguiente, con gran oposición del prelado, debido a la corta edad de Pacheco.
Pacheco inunda sus composiciones con tal belleza artística, que eleva en ellas el pedestal más seguro de su gloria.