De ese tiempo resulta su interés por las culturas y cosmovisiones autóctonas, sobre toda las andinas.
Estermann tiene su formación en la filosofía y teología occidentales, pero empezó a interesarse muy pronto por modelos de pensamiento no-europeo, especialmente latinoamericanos.
Desde mediados de los años noventa del siglo XX, Estermann se involucra en el debate sobre la Filosofía Intercultural.
Contribuye a que este enfoque sea tomado en cuenta para la cuestión de las llamadas filosofías indígenas, pero también para un diálogo entre las corrientes principales de la filosofía latinoamericana y las sabidurías autóctonas.
Al igual, Estermann se hizo un nombre en la elaboración y difusión de una genuina teología andina que pretende ser más que una simple adaptación o “inculturación” de las teologías europeas.