Posteriormente, fue elegido presidente del Senado, y de acuerdo con la antigua constitución sudafricana, se debía desempeñar como presidente ex officio en caso de la ausencia de este.
Asumió la presidencia inesperadamente cuando el Dr. Eben Dönges, elegido para suceder a C.R.
Swart en 1967, quedó en coma tras un ataque, antes de asumir.
Naudé ejerció la presidencia durante diez meses, hasta que Dönges murió y Jim Fouché lo sucedió.
La Tom Naudé Technical High School de Polokwane (anteriormente Pietersburg) fue nombrada en su honor.