Al finalizar la secundaria realizó una prueba para ingresar en Estudiantes de La Plata pero no logró quedar en el club.
A los 18 años, estando en cuarta división, chocó en un partido con el arquero Roberto Bonano y sufrió una lesión en un riñón.
En un principio no iba a continuar su carrera como deportista pero el médico del club le permitió seguir jugando, por lo que realizó toda su trayectoria como jugador con solo un riñón.
Allí Juan jugó dos partidos contra Newell's Old Boys e hizo un gol.
[3] En el campeonato 1989/1990 su equipo terminó cuarto y Pizzi disputó 31 partidos marcando 15 tantos.
En la Liguilla Pre-Libertadores de ese año jugó 2 partidos ante Independiente e hizo 2 goles.
[5] Durante la liga de 1992/93 en la que tuvo un desempeño similar al año anterior, disputó 34 partidos e hizo 15 goles.
Su equipo logró clasificar a la Copa de la UEFA (hoy Europa League) al terminar quinto y Juan se convirtió en el máximo goleador de la historia del Tenerife con 76 tantos (años después sería destronado del título).
En el siguiente año, logró conquistar la Liga española 1997-98 y volvió a ganar la Copa del Rey 1997-98.
En total jugó 73 partidos (un amistoso contra Rayo Vallecano) y marcó 18 goles para el conjunto catalán.
[11] Luego del Mundial de 1998 Juan volvió a la Argentina tras 8 años, para jugar en River Plate.
Además disputó los dos partidos contra Deportes Concepción por la Copa Conmebol de 1999 y marcó un tanto.
La segunda mitad del año 2000 Juan la pasó en Portugal jugando para el Porto, sin embargo una lesión en la rodilla derecha no le permitió tener mucha continuidad y solo hizo 3 goles en 11 partidos por Liga (en todos ingresó como suplente).
Juan fue un jugador importante en la copa, ya que jugó 10 partidos y marcó 7 goles.
Realizó un curso especial (para exjugadores de la selección española) para convertirse en director técnico junto a Pep Guardiola, Luis Enrique, entre otros.
[16] En enero de 2005 debutó como director técnico al dirigir a Colón en dupla con el exjugador peruano José "Chemo" Del Solar.
Sin embargo la agrupación Mística Canalla, encabezada por Horacio Usandizaga, fue elegida por los socios del club.
Su flamante equipo finalizó el Torneo Inicial 2012 dejando una buena imagen y levantando considerablemente su rendimiento.
Pizzi tuvo que rescindir su contrato con San Lorenzo para embarcarse en su primera experiencia europea como técnico.
Pero finalmente no consiguió clasificar al conjunto valencianista para ninguna competición europea, terminando la Liga en el 8.º puesto.
Chile jugó dos amistosos previos a la Copa América Centenario, derrota por 2-1 ante Jamaica en Viña del Mar y derrota por 1-0 ante México en Estados Unidos y de esta manera Pizzi completaba 3 derrotas en los primeros 4 partidos, dejando muchas críticas en torno a su estilo de juego y La Roja llegaba con dudas al torneo disputado en Estados Unidos.
Arturo Vidal, una de las figuras del partido, recibió tarjeta amarilla y quedó suspendido para las semifinales.
Chile comenzaría pateando con Arturo Vidal, quien perdió su remate después de que Sergio Romero atajara su disparo, luego Messi elevaría su disparo por sobre el travesaño, Nicolás Castillo, Charles Aránguiz y Jean Beausejour anotarían los siguientes penales para Chile, mientras que Javier Mascherano y Sergio Agüero convertirían para la Argentina, a continuación, Claudio Bravo le atajaría un penal clave a Lucas Biglia y finalmente Francisco Silva patearía el quinto y definitivo penal dándole el triunfo a Chile por 4-2.
Empataron sin goles en los 120 minutos, pero clasificarían ganando por 3-0 la definición a penales, con una perfecta actuación del portero chileno Claudio Bravo, quien atajó los tres lanzamientos portugueses, los penales chilenos convertidos fueron obra de Vidal, Aránguiz y Sánchez.
[34] Tras perder sorpresivamente ante Paraguay por 2-1 en Asunción, dejar escapar puntos de oro ante Bolivia en el Monumental de Chile y caer goleados por 3-0 ante Ecuador en Quito, Chile perdía el rumbo camino a Rusia y también quedaba a 4 puntos del Repechaje.
[38] Instalado en Riad, para poder estar más cerca de los jugadores y poder aplicar mejor sus métodos, realizó múltiples innovaciones en las instalaciones de la selección saudí, y aplicó cambios que abrieron al equipo a nuevas vías.
Y finalmente ganaría su último duelo por 2-1 ante Egipto, siendo la segunda victoria en un Mundial tras la edición de Estados Unidos en 1994.
Pizzi se convirtió en el primer entrenador que gana un partido en un Mundial y la Copa de Asia con Arabia Saudí, aunque la selección cayó eliminada por Japón.
Hemos hecho algunos buenos partidos y por lo general nuestro desempeño durante la Copa fue positivo”.
En total, Pizzi dirigió 32 partidos, ganó 13, empató 11 y perdió 8, obtuvo 33 goles a favor, 30 en contra, apenas superando el 50% de rendimiento.