En 1522 acompaña a Jean Glapion en su viaje misional al Nuevo Mundo.
Pero la ciudad en ruinas después de ser sitiada y asaltada por Hernán Cortés, y asolada por la peste, no será un lugar propicio para los frailes.
Cortés les aconseja alojarse en Texcoco, donde comenzarán su labor de misioneros y el estudio del náhuatl.
Se atribuye a fray Juan haber respondido, ante una pregunta acerca de cómo alejar a los indígenas de su "idolatría" (sus religiones ancestrales), que era necesario aprender «...la teología que de todo punto ignoró san Agustín», con referencia a las lenguas indígenas.
Casi al final de la expedición, Cortés se entera de que Olid había muerto degollado en Naco, y ordena embarcar a todos los misioneros hacia Cuba.