Su obra más influyente es Geschichte der neueren Philosophie (Historia de la filosofía moderna), en diez volúmenes, editados originalmente entre 1854 y 1877.
[3] En 1855, fue llamado como profesor honorario a la Universidad de Jena, donde trabajaría durante dieciséis años granjeándose una excelente fama por sus lecciones.
Algunos de sus discípulos más destacados fueron Wilhelm Windelband[3] y el escritor inglés William Somerset Maugham.
Como Hegel, considera que la Lógica es a la vez Teoría del conocimiento y Metafísica.
[6] Mantuvo una polémica filosófica con Friedrich Adolf Trendelenburg,[3] que publicó en 1869 un libro titulado Kuno Fischer und sein Kant.