Aunque no existe un consenso generalizado sobre los límites exactos del territorio patagónico, ni los criterios para definirlos, aproximadamente las tres cuartas partes pertenecen a Argentina y el cuarto restante a Chile.
El cronista Pigafetta escribió en la bitácora del viaje de Magallanes: Nuestro capitán llamó a este pueblo Patagones...[11] También se cree que Magallanes adicionalmente se inspiró en el gigante Pathoagón, un personaje de la literatura europea medieval aparecido en la novela de caballería Primaleón.
Tanto el toponimio, como la extensión espacial del territorio comprendido, y hasta el concepto mismo de Patagonia proceden de europeos o desde una visión europea de la región, por lo cual, el mismo no era compartido por las etnias amerindias y sus descendientes, en cambio está fuertemente arraigado en la población local de ascendencia exógena e incluso en los que arriban a los territorios australes en fecha reciente.
[15] La antigua Patagonia oriental, la cual poseía una delimitación primigeniamente política, hoy ha quedado obsoleta para estos fines, por tanto tal denominación debe reservarse para el tratamiento de la región patagónica oriental, la cual tanto biológica como geográficamente, cubre territorios pertenecientes a ambos países.
En 1955 por la ley N.º 14408 fueron creadas las provincias de Neuquén, Río Negro, Chubut y Patagonia.
Durante el gobierno militar autodenominado Proceso de Reorganización Nacional, toman especial relevancia la zonificación militar del país que convivía con el esquema formal de autoridades.
Su sede se ubica en la guarnición de Bahía Blanca y su límite norte es el río Colorado aunque incluía 13 partido-municipios del sudoeste del interior de la Provincia de Buenos Aires en torno a la sede: Adolfo Alsina, Guaminí, Coronél Suárez, Saavedra, Puán, Tornquist, Coronel Pringles, González Chávez, Coronel Dorrego, Tres Arroyos, Villarino, Bahía Blanca, Patagones.
Sin embargo, algunos organismos estatales nacionales definen la Patagonia como aquella región integrada por las provincias de Neuquén, Río Negro, Chubut, Santa Cruz y Tierra del Fuego, excluyendo la provincia de la Pampa.
Por estas razones, el término de la Frontera fue acuñado para referirse a la zona en torno al río.
Igualmente, pequeñas colonias de población criolla se ubicaron en Valdivia, La Unión, y Osorno.
Finalmente, luego de un período donde los combates continuaron, el Coronel Gregorio Urrutia logró completar en 1883 la incorporación de la totalidad del territorio mapuche en la llamada Pacificación de la Araucanía, poblándose intensamente estas tierras durante el resto del siglo XIX y el XX.
Por otra parte, los sectores australes del bonaerense Partido de Villarino y del pampeano Departamento Caleu Caleu, al ser ribereños del río Colorado y mantener las características patagónicas, podrían también ser incluidos en ella, amén de que así se reconocen sus mismos pobladores.
[28] No obstante, siempre fueron límites descriptivos poco concisos y altamente variables.
El fin del Valle Central complicó históricamente el poblamiento y la comunicación en todo el sector de Palena (antiguamente denominada Chiloé Continental) y los territorios más australes, generando la interrupción de la Carretera Austral, la que aún hoy no está completa y varios tramos deben ser recorridos a través de transbordadores, principalmente entre Hornopirén y Caleta Gonzalo.
[31][32] Generalmente en la Argentina se suele delimitar turísticamente a la Patagonia como el territorio al sur del eje río Barrancas-Colorado,[33] incluyendo a Tierra del Fuego y las Malvinas.
[41] Sin embargo, existen quienes incluyen como zonas patagónicas áreas ubicadas más al norte, por ejemplo suelen incluirse también diversas zonas entre el lago Villarrica y el Llanquihue.
[42][43] En un estudio sobre las etnias de la región se indica que en el área cultural Patagonia, se incluyen las que se encontraban presentes en los territorios desde el Cabo de Hornos hasta el río Colorado en la Argentina y hasta los ríos Itata y Lonquén en Chile.
[44] En el sector de la Argentina, más al norte del límite septentrional del área cultural Patagonia (es decir, fuera de ella) se encontraban las etnias: puelche, diuihet, ranquel, voroga, taluhet, pampa, querandí, etc. Ya dentro del área cultural Patagonia se encontraban, partiendo del sector norte, las etnias: pehuenche, leuvuche, chechehet, y más al sur: guenaken, penken, aónikenk, etc.
A pesar de que su dispersión territorial los llevó a adentrarse en la Patagonia chilena, el pueblo huilliche pertenece al horizonte cultural Mapuche que se desarrolló en un área antropológico cultural correspondiente al valle central del centro sur de Chile.
[45] Por dicha razón, los pueblos originarios considerados históricamente en la Patagonia chilena son: El dialecto rioplatense se diversifica como variante en todas las provincias de la Patagonia argentina (incluyendo La Pampa) y es conocida popularmente como variante patagónica o Sureña.
Se denotan algunas variaciones levemente audibles en la fonología, entre los que se destaca la pronunciación de [ʒ] más relajada y una entonación menos rítmica, no llegando a aproximarse a [ʃ].
Por razones del aislamiento colonial, en Chiloé se formó durante cientos de años un dialecto particular, el dialecto chilote, con muchas palabras y construcciones procedentes del dialecto veliche del mapudungun, a las que se han agregado regionalismos españoles en desuso en otros lugares de Chile, creando así una tonalidad muy particular en este archipiélago.
Este dialecto está presente entre los migrantes chilotes en la Patagonia y ha influido de manera importante a las variantes locales del castellano, a la vez que estas han ejercido influencia en el habla de Chiloé.
Llegaron a la conclusión que a la región de la Patagonia argentina la uniformidad del medio natural y de sus actividades humanas la han definido como una unidad perfectamente individualizable; razones históricas han acentuado esta singularidad respecto al resto del país.
Finalmente, al oeste del Lago Aluminé se hace presente el basamento cristalino.
Los frecuentes sistemas frontales que cruzan la región generan copiosas precipitaciones, junto con abundante nubosidad y escasos días despejados.
En varios sectores, las precipitaciones son tan intensas y abundantes que disminuyen notablemente las posibilidades de asentamientos humanos.