Se encuentra dentro del parque nacional Perito Moreno.
Se encuentra en una cuenca de origen glaciar que comparte con la península noroeste del lago, aguas abajo.
El lago es parte de la cuenca del río Pascua que fluye en Chile en el océano Pacífico.
En Chile, el Mayer se une el brazo noreste del lago O'Higgins/San Martín.
Finalmente las aguas de este lago fluyen al río Pascua.