Procedente del Christian Brothers College High School, Larry Hughes asistió a la Universidad de Saint Louis, donde jugó una temporada en la que promedió 20.9 puntos y 5.1 rebotes por partido.
Lideró a los Billikens al torneo de la NCAA en 1998, y fue nombrado freshman (novato) del año.
En California jugó dos años y medio, llegando a promediar en su primer año completo en la franquicia 16.5 puntos por noche.
En la capital militó tres temporadas, rindiendo a un nivel muy alto y siendo pieza clave en la entrada de los Wizards en playoffs tras muchos años en el pozo.
Junto con él, llegaba al equipo Shannon Brown, Drew Gooden y Cedric Simmons.