Luego prestó servicios como embajador veneciano ante la Santa Sede, época en la que residió en Roma.
En la elección enfrentó a otros candidatos, incluido Marcantonio Memmo, quien luego le sucedería.
Poco después de su elección como Dux, Donato , aconsejado por Paolo Sarpi, rechazó la protesta del Papa.
En consecuencia, en abril de 1606, Paulo V emitió un interdicto papal contra Venecia, excomulgando a toda la población.
El resto del reinado de Donato como Dux no mostró mayores sucesos.